Por su parte, la Comunión Tradicionalista de Sixto de Borbón había hecho una convocatoria paralela. A tal efecto, la Hermandad del Vía Crucis y la Junta de la Hermandad de Tercios de Requetés habían publicado en El Pensamiento Navarro diversos llamamientos para que acudieran a la romería los excombatientes y sus hijos, “la nueva juventud de combatientes, requetés y tradicionalistas”, afirmando que los actos del 9 de mayo en Estella estarían presididos, como los de El Quintillo, por Don Sixto. La doble romería se había convocado para el 9 de mayo, domingo. Aunque el carácter del acto sería fundamentalmente político, como en ocasiones anteriores se solicitó permiso para la celebración de un viacrucis durante la subida al monte, en cuya cima tendría lugar la misa anual celebrada desde 1939. El acto fue autorizado por el gobierno al considerar el ministro de Gobernación, Manuel Fraga, que la prohibición del acto podría ser más negativa que su celebración. Desde los sectores del carlismo partidarios de continuar con el tradicionalismo y pertenecientes al denominado búnker franquista, se promovía el liderazgo de Sixto de Borbón Parma, hermano del pretendiente carlista Carlos Hugo, para neutralizar a la facción socialista del carlismo. Algunas fuentes afirman que el complot fue organizado por los aparatos de seguridad del Estado, a través de la denominada Operación Reconquista. El general de la Guardia Civil José Antonio Sáenz de Santa María, en la fecha de los sucesos jefe del Estado Mayor de la Guardia Civil y persona muy relevante durante la Transición, antes de morir, reveló que fue el propio Estado el que, ante la evolución del carlismo, trató de crear un “contrapoder” alrededor de la figura de Sixto de Borbón, por medio del servicio de inteligencia SECED, creado por el almirante Carrero Blanco (sustituido en 1977 por el CESID, actual CNI), y de la Guardia Civil (de acuerdo con el testimonio del general Sáenz de Santa María, el director de la Guardia Civil, general Ángel Campano, le habría manifestado que el plan era conocido y aprobado por el ministro de gobernación Manuel Fraga y por el presidente Arias Navarro).

Además de altos cargos de los cuerpos de seguridad del Estado, como el susodicho general Ángel Campano, (en cuyo despacho se gestó la operación), y el general Salvador Bujanda, subdirector general del mismo cuerpo, en la conspiración estuvieron implicados también Antonio María de Oriol y Urquijo, entonces presidente del Consejo de Estado, Juan María de Araluce, presidente de la Diputación Provincial de Guipúzcoa, y José Ruiz de Gordoa, gobernador civil de Navarra.
Para reforzar el supuesto liderazgo de Sixto de Borbón, se organizó un operativo que no solo llevó a miembros de la facción ultraderechista del carlismo, Comunión Tradicionalista, de toda España, sino también a elementos de Guerrilleros de Cristo Rey, falangistas, militantes de Unión Nacional Española (UNE) (el partido de Fernández de la Mora) y un comando integrado por más de 20 mercenarios italianos y argentinos de ideología ultra (entre los que se encontraba también el francés Jean Pierre Cherid, que fallecería en 1984 en una acción como miembro de los GAL, cuando colocaba una bomba en los bajos del vehículo de un dirigente etarra) para que acudieran a la romería y atacaran a los participantes en ella. Los mercenarios fueron pagados por agentes del SECED y/ó por dirigentes de los Guerrilleros de Cristo Rey que les habían contratado. Unos días antes, el gobernador civil de Navarra, José Ruiz de Gordoa, reservó 20 habitaciones en el hotel Irache de Estella, para que se alojaran Sixto de Borbón y su escolta. El miércoles 5 de mayo, Sixto de Borbón acudió a Estella y comió con el alcalde franquista de la localidad, Julio Ros. Dos días después, un grupo armado de sus partidarios subió a Montejurra y acampó en su cima, de forma que cuando al día siguiente (sábado 8 de mayo) algunos partidarios de Carlos Hugo subieron a la cumbre del monte, no pudieron acceder a ella y se les conminó a que no tratasen de acceder a lo alto al día siguiente.

Los incidentes tuvieron lugar primero en la parte baja del monte, donde se produjo un enfrentamiento entre los seguidores de Sixto, que querían subir al monte, y los de Carlos Hugo, que se negaban a dejarles pasar. Los primeros, uniformados, gritaban “¡Montejurra rojo, no!”, “¡Viva Cristo Rey!”, mientras que los partidarios de Carlos Hugo respondían “¡Carlos Hugo, libertad!”, “¡No pasaréis!”. Tras los insultos, empezó una pelea con porras y palos, ante la actitud pasiva de la Guardia Civil, que se hallaba a poca distancia. La pelea culminó con un disparo efectuado por el requeté onubense José Luis Marín García-Verde, conocido como el hombre de la gabardina, resultando herido Aniano Jiménez Santos, militante de la Hermandad Obrera de Acción Católica, que moriría varios días después. Posteriormente ocurrieron nuevos incidentes en la cima del
monte, cuando los sixtinos trataron de impedir el acceso a la cima a los seguidores de Carlos Hugo. Allí falleció Ricardo García Pellejero, miembro del Movimiento Comunista de España, por un disparo efectuado, según González Calleja, por Francisco Carreras García-Mauriño, que se encontraba en lo alto del monte junto con Márquez de Prado. Esos crímenes se ejecutaron en presencia y con la colaboración de la Guardia Civil, con miembros de la Organización Gladio y con la trama de terrorismo de Estado que posteriormente originaría los GAL, Rodolfo Eduardo Almirón, exmiembro de la Triple A argentina, (que posteriormente sería jefe de seguridad de Alianza Popular y guardaespaldas personal de Manuel Fraga durante los últimos años de la década de los 70 y primeros años de la década de los 80), y Stefano Delle Chiaie, terrorista de ultraderecha italiano con vínculos con la organización anticomunista de la OTAN, Gladio, estaban presentes en Montejurra este día.

Según afirmó José Arturo Márquez de Prado, uno de los principales tradicionalistas sixtinos que dirigió la operación de Montejurra, también hubo miembros de ETA que acompañaron a los integrantes del Partido Carlista de Carlos Hugo, que fueron recibidos por los carlistas partidarios de Sixto de Borbón con ráfagas de metralleta. Además, la secretaría de prensa de la Comunión Tradicionalista proporcionó a Cifra su versión de los hechos pese a las evidencias de otros periodistas, incluida alguna agencia internacional. No obstante, en una entrevista concedida el año siguiente a la revista La Actualidad Española, José Arturo Márquez de Prado reconoció que Marín le había confesado después de los incidentes: “Pepe, yo no he tenido más remedio que disparar, pero yo no he tirado a dar”. Sin embargo, negó que el séquito de Sixto Enrique, entre los que se encontraban chicos de 14 años, hubiese portado armas de fuego, que hubiesen tenido una ametralladora en el monte o que él mismo hubiese ordenado fuego. Según Márquez de Prado, la muerte de Ricardo García Pellejero no podía deberse a los carlistas sixtinos que se encontraban en lo alto del monte, ya que la bala entró con una trayectoria
ascendente, cosa que nunca fue probada, y mantuvo que algunos seguidores de Carlos Hugo llevaban armas. A raíz de los incidentes, Sixto de Borbón Parma fue expulsado de España, sin que siquiera se le tomase declaración judicial por su presencia en la escena de los crímenes. A pesar de la indignación general, el diario ultraderechista El Alcázar, que había apoyado a Sixto, se mostró satisfecho con el resultado, titulando que “la ORT, ETA y el PC no alcanzaron su propósito”. Blas Piñar, por su parte, llegó a calificar de “héroe” al carlista onubense Marín García-Verde, presunto autor de una de las muertes,  afirmando que las fotografías
publicadas eran puros trucajes.
Con posterioridad, y a requerimiento de terceros y de la acusación llevada adelante por el Partido Carlista, fueron detenidas varias personas acusadas de homicidio. La investigación terminó en el Tribunal de Orden Público, cuyo juez la cerró el 4 de enero de 1977 con el procesamiento
de tres personas: José Luis Marín García-Verde, como responsable de los asesinatos y Arturo Márquez de Prado y Francisco Carrera, como
dirigentes de la acción violenta.
Los abogados de la acusación no lograron que testificara Manuel Fraga, ministro de la
Gobernación y que el día de los sucesos se encontraba en viaje oficial en Venezuela y era
sustituido por el ministro secretario general
del Movimiento Adolfo Suárez González. (Tras su vuelta, Fraga manifestaría que los incidentes no habían sido más que una “pelea entre hermanos”). A estos crímenes les fue aplicada la Ley de Amnistía de 1977, y los acusados, sin haber sido juzgados, fueron liberados, al quedar extinguida su responsabilidad penal, como ocurrió con casos similares de ideología contraría ya que aquella amnistía fue completa y había sido pactada al inicio de la transición al descartarse la fórmula de la ruptura y acordarse la evolución de “la ley a la ley” en término acuñado por Torcuato Fernández Miranda. En los años posteriores a los sucesos de Montejurra, la banda terrorista ETA escogió como uno de sus blancos preferidos a los carlistas. De hecho, los etarras justificaron sus asesinatos de Juan María de Araluce (presidente de la Diputación de Guipúzcoa),

Joaquín Imaz (comandante de la Policía Armada) y José María Arrizabalaga (jefe de las Juventudes Tradicionalistas de Vizcaya) por el apoyo que estos prestaron a Sixto de Borbón en Montejurra. En sentencia de la Audiencia Nacional de 5 de noviembre de 2003 se reconoció a los dos asesinados en Montejurra la condición de “víctimas del terrorismo”, remitiéndose a la Sentencia dictada por el Tribunal Supremo de 3 de julio de 1978, y se entregó a una de sus viudas la “Medalla de Oro” de Navarra. En enero de 2023, documentos del Gobierno Civil de Navarra datados en 1976 revelaron que el gobernador civil y Jefe provincial de Navarra, José Ruiz de Gordoa y Quintan, mantuvo conversaciones secretas con Sixto Enrique de Borbón y el delegado nacional de requetés, José Arturo Márquez de Prado, y que informó al ministro Manuel Fraga de las intenciones de los tradicionalistas. Los actos de Montejurra se habían convertido en una de las concentraciones más importantes del antifranquismo en los últimos años de la dictadura y había que reconducirla. Manuel Martorell afirma que fue el gobierno de Arias Navarro el que habría elaborado “detallados planes y previsiones para arrebatar la concentración anual al partido liderado por Carlos Hugo de Borbón-Parma”, con la colaboración del sector tradicionalista del carlismo. En cualquier caso, el carlismo salió enormemente tocado, difuminándose hasta su extinción, dejando vía libre a la monarquía instaurada en España.